小儿病毒相关吞噬血细胞综合征多由于病毒感染所致，最常见为EB病毒感染，其他病原菌也可导致。另外，黑热病等寄生虫病和人畜共患病也可合并本病。
一、主要病因
1、病毒感染：最常见，主要见于疱疹病毒中的EB病毒感染，其他疱疹病毒，如巨细胞病毒、人疱疹病毒、艾滋病病毒、流感病毒、风疹病毒、高致病性禽流感病毒H5N1等，主要靠病原学诊断。
2、其他病原菌：如结核杆菌、布氏杆菌、支原体、真菌等均可导致本病的发生。
3、继发于其他疾病：黑热病等寄生虫病和人畜共患病也可合并本病。
二、诱发因素
1、居住环境和个人卫生差：卫生条件差会增加病毒和细菌感染的风险。
2、免疫力低下：免疫力低下时抗病和抗感染的能力差，容易诱发本病。