对于脑膜炎奈瑟菌菌肺炎的预防主要是远离传染源，切断传播途径，尤其是对于6个月到两岁的儿童，能及时的给予疫苗接种，进行特异性预防，其次是要提高自身的免疫力，避免给予细菌致病的机会。
（1）远离传染源，人作为脑膜炎奈瑟菌的唯一宿主，也是传染源，对于已经感染期脑膜炎奈瑟菌的患者进行接触时也要做好一定的防护，婴幼儿要严禁与患者和带菌者进行近距离接触。
（2）对于儿童注射流脑荚膜多糖疫苗进行特异性预防，流行期间，儿童可口服磺胺药物等来预防感染。