导致慢性非细菌性前列腺炎发生的原因有很多，主要病因包括微生物感染、自身免疫、物理和化学因素、精神心理因素、前列腺内尿液反流等，性生活不正常人群、长期压迫会阴部人群好发，吸烟、酗酒也会诱发本病的发生。
一、主要病因
1、微生物感染：慢性非细菌性前列腺炎的发生可能与按传统培养检测不到的病毒、霉菌、厌氧菌、支原体、衣原体甚至可能与未知细菌有关。
2、自身免疫：慢性非细菌性前列腺炎的发生与全身免疫功能低下、前列腺局部体液免疫增强有一定关系。
3、物理和化学因素：研究者早就发现，长期的盆底肌肉挤压，对盆腔内容物慢性永久性的自我刺激，如长距离骑车或久坐、会阴部受到外力打击、频繁性交或手淫，或因饮酒或食用刺激性食物，局部不注意保暖等多种因素造成的前列腺慢性长期充血，可能是诱发慢性非细菌性前列腺炎的重要原因。
4、精神心理因素：慢性非细菌性前列腺炎病人多存在明显的精神心理方面障碍，主要表现为抑郁、恐惧、躯体紧张等。由于精神心理因素的影响，引起全身植物神经功能失调，可加重后尿道神经肌肉功能障碍，使得膀胱颈部功能紊乱，排尿时前列腺部尿道压力增大，易使尿液反流入前列腺，导致或加重慢性非细菌性前列腺炎的症状。
5、前列腺内尿液反流：功能性尿路梗阻可能是慢性非细菌性前列腺炎发病环节中的一环。远端尿道、外括约肌的挛缩导致前列腺尿道压力增高，使尿液反流入前列腺导管，从而引起前列腺导管及周围组织的炎症。炎症导致的全身反应和局部的刺激，又进一步加重功能性尿道梗阻以及盆腔内肌肉系统的挛缩，加重排尿功能的异常。慢性非细菌性前列腺炎病人尿动力学的改变可能是其发病的原因之一，又可能是继发性的病理改变。
二、诱发因素
1、性生活过频，性交被迫中断，性生活过度节制也会诱发本病的发生。
2、吸烟、酗酒，长期食用刺激性食物，喜油腻食物等导致湿热内生，蕴积于生殖器官而使其充血。