复杂性肾囊肿是相对于单纯性肾囊肿来说，这时病人可能会有囊内的感染、出血、钙化、分隔等一系列情况，所以这时和单纯囊肿相比就比较复杂。肾囊肿通常是由膨大肾小管憩室构成，膨大的肾小管憩室，在生长的过程中会不断长大，然后和肾小管分离，形成一个一个独立的囊泡，这种独立的囊泡具有分泌功能，所以会分泌囊液，然后囊肿会逐渐增大，在增大的过程中，它可以引起局部出血或者钙化等等，那么这时通常就称它为复杂性的肾囊肿。
复杂性肾囊肿的特点，主要是在超声或者在CT下面，可以看到囊内有出血、钙化，甚至有分隔、囊内的液体浑浊等等，这时除了考虑到它是良性以外，另外还要考虑这个病人有没有囊性肾癌的可能性。除此之外，正常的单纯肾囊肿通常没有明确的腰部不舒服症状，大多数病人可能仅仅有腰麻、腰胀等等，一般情况下没有腰痛，但复杂性肾囊肿，大部分也没有明确症状，但是有一小部分病人会出现腰痛，甚至有人会出现血尿，甚至高血压等等。