甲胎蛋白测定在临床主要作为性肝癌的血清标志物，用于原发性肝癌的诊断和疗效监测。甲胎蛋白是糖蛋白，主要由胎儿肝脏、卵黄囊合成，甲胎蛋白在胎儿血循环中具有比较高的浓度，出生以后就下降。在成年人血清当中含量极低，在胎儿，以及有肝癌、肝母细胞瘤、性腺畸胎瘤、肝炎的患者测定蛋白的含量比较高。在成年人通过测定甲胎蛋白的含量中，60%-70%的原发性肝癌含量增高。
在成年人中的睾丸癌、卵巢肿瘤、恶性畸胎瘤、胰腺癌、胃癌、肠癌、肺癌等，甲胎蛋白含量也增高。急慢性肝炎、肝硬化等良性的肝脏疾病，甲胎蛋白的水平也可以增高，但是浓度不会超过1000μg/L。甲胎蛋白增高与肝细胞坏死和再生的程度有关，良性的肝病才蛋白的含量增多，往往是一过性，持续2-3周。恶性的肿瘤持续性增高，动态观察血清甲胎蛋白的含量，既有助于鉴别良恶性的肝病，也可以早期诊断肝癌。