少儿癫痫有一部分病因不明，有一部分继发于明确的病因，少儿癫痫可明确的病因有以下几种：
第一、皮质发育障碍，皮质发育障碍引起癫痫发作，最常见的原因是神经元异位症和局灶性皮质发育不良。
第二、头部外伤，幼儿头部外伤性癫痫，多与产伤有关，而器械助产等是产伤的危险因素。
第三、中枢神经系统感染是癫痫常见的病因之一，病毒性脑炎、结核性脑膜炎等是较为常见的原因。
第四、神经变性疾病，发生在中枢神经系统的多种神经变性疾病。
第五、寄生虫感染。
第六、遗传代谢性疾病。