如果是小肠的良性肿瘤，一般可以进行手术治疗，通过局部切除就可以。而小肠恶性肿瘤除了需要进行手术治疗外，可能还需要进行化疗、靶向治疗、营养支持治疗等。
另外，如果肿瘤已经与周围的组织发生了浸润固定的情况无法进行切除，而且并发了肠梗阻的症状就需要进行短路手术以解除梗阻的情况。小肠肿瘤患者需长期持续治疗，良性的小肠肿瘤在切除后，仍可复发。而恶性的小肠肿瘤，在切除后则可复发或转移，故而患者需长期治疗。