恶性飞蚊症指的是病理性飞蚊症，指由于玻璃体腔内的出血、炎症等原因引起的玻璃体混浊，在任何年龄段都有可能发病。当原发疾病出现加重时，飞蚊症就会变得明显，也就是原发病加重时候会越来越多，一般时间上不确定，也许是七天，也许是一个月。只要原发病没有被治愈，飞蚊症就会越来越多。
常见的有葡萄膜炎造成的病理性飞蚊症，是由于自体免疫反应所导致，患者通常会伴有类风湿性关节炎、强直性脊柱炎等基础疾病。葡萄膜炎发病时，眼部会出现充血、发红、疼痛、视力下降等症状，此时飞蚊症就会在1-2天之内出现明显的加重，是由于玻璃体腔内出现大量炎症细胞而引起。随着炎症的加重，玻璃体腔内聚集的炎症细胞会越来越多，导致飞蚊症不断加重，通过口服激素药物抑制葡萄膜炎后，飞蚊症就可以减轻。