1、血象：可提示血常规示白细胞异常升高或降低，粒细胞总数、淋巴细胞和血小板减少，而幼稚粒细胞及幼稚粒细胞/粒细胞总数比例升高，C反应蛋白持续升高等，是反映病情严重程度和进展的重要指标；如伴有难以纠正的酸中毒和严重的电解质紊乱，提示存在败血症和肠坏死，即使缺乏肠穿孔的X线表现，也提示有外科手术指征。
2、腹部X线平片：为诊断坏死性小肠结肠炎的诊断依据，新生儿坏死性小肠结肠炎表现为肠壁间积气，表现为：
（1）肠壁间有条索样积气，呈离散状位于小肠浆膜下部分或沿整个小肠和结肠分布。
（2）黏膜下“气泡征”，类似于胎粪潴留于结肠的征象。
（3）门静脉积气，自肝门向肝内呈树枝状，特异性改变多在4小时内消失。
（4）气腹征，提示肠坏死、穿孔。
3、粪便检查：外观色深，潜血试验多呈阳性，镜检可见大量白细胞和红细胞，大便细菌培养多阳性，以大肠埃希杆菌、克雷伯杆菌和铜绿假单胞菌多见，对于诊断及治疗有辅助作用。
4、血气分析及电解质测定：可出现代谢性酸中毒、电解质平衡失调，了解电解质紊乱和酸中毒程度，可指导液体和静脉营养液的治疗。
5、血培养：如阳性大多为革兰氏阴性杆菌，培养出的细菌与粪培养一致，对诊断新生儿坏死性小肠结肠炎的病因有意义。
6、B超：双脉冲多普勒超声检查腹腔干和肠系膜上动脉血流速度及其比值可作为新生儿坏死性小肠结肠炎的预测指标。