治疗灰指甲目前最佳的方法是规范的口服抗真菌药，灰指甲也称为甲真菌病，是指真菌感染甲板或甲下引起的疾病。甲真菌病由于甲板角化，药物不易透入，一直是治疗的难点。近年来由于唑类药物、丙烯胺类药物的问世，甲真菌病的治疗有了很大的进展。
甲真菌病的治疗可以口服药、外用药物或手术拔甲。手指甲和脚趾甲的生长速度不同，如果完全替换一个新的，手指甲需要100天，而脚趾甲大约要300天，所以治疗灰指甲必须要有耐心。口服药物适合于多个指甲，常用的有特比萘芬片、伊曲康唑或氟康唑片等，连续口服四个月以上，可治愈80%以上的甲真菌病，因为这类药必须达到真菌所寄生的甲板处，才能发挥抗菌作用，用药量大，用药时间长，应定期监测药物不良反应。外用疗法，根据药剂不同，可以局部涂药或封包、削治疗法，常用的外涂药有30%冰醋酸或特比萘芬酊、阿莫罗芬甲搽剂、环吡酮搽剂等抗真菌的外用药，配合口服药，治疗效果最佳。