农民肺的主要病因为农民干农活时吸入了霉草或化肥中的嗜热放线菌，引起外源性变应性肺泡炎，可以在肺内形成巨噬细胞性肉芽肿和肺间质纤维化。本病主要引起肺炎，可经呼吸道传播，好发于从事农业生产的农民。
1、嗜热放线菌属是农民肺的主要病原菌，国际上多以干草小多孢菌作为标准菌种，常见的还有普通嗜热放线菌、白色嗜热放线菌、绿色嗜热单孢菌。我国发现热吸水链霉菌可能最为常见，实验证实其亦是农民肺的致病菌；有时各种曲霉菌属也可成为该病的致病病原体。
2、研究发现，霉变的禾草在粉碎搅动时，1m³空气中可含霉菌1600万个，操作者每分钟吸人的霉菌可达75万个。需要注意，由于这些人群的作业内容常随季节的变化发生改变，其接触的病原体也会不断变化。此外，其他变应原、化学物质、有毒气体、传染性病原体在引发其呼吸道症状中也起着不可忽视的作用。