瞳孔括约肌和睫状肌本身一般不会发生什么病变，但瞳孔括约肌位于虹膜，睫状肌位于睫状体，虹膜和睫状体会出现病变。虹膜和睫状体病变有虹膜睫状体炎、虹膜囊肿、虹膜黑色素瘤或转移瘤、睫状体肿瘤等。虹膜睫状体炎需要用激素，甚至免疫抑制剂治疗；虹膜囊肿可以激光或手术治疗；虹膜黑色素瘤或转移瘤可予激光治疗、局部放射及手术治疗；睫状体肿瘤需行手术治疗。