1、视诊及触诊：外口多呈乳头状隆起，有的外口有肉芽组织生长，有的外口扁平，被一层上皮覆盖，似已愈合。手指按压外口周围组织，有少量脓液或浆液流出。由于肛瘘外口常有分泌液流出，肛周皮肤可增厚、发红。低位肛瘘自外口向肛门方向可扪及一硬条索状物通向肛管，即为瘘管的位置。
2、直肠指检：内口多在齿状线附近，呈结节状，少数可扪及，有轻压痛。
3、探针检查：一般不用作诊断，只在术中用。因肛门未麻醉、括约肌不松弛，容易造成假瘘管、假内口。
4、磁共振（MRI）检查：MRI图像能显示肛瘘的位置及其走向，图像上瘘管及脓肿表现为条状或片状信号，增强扫描后瘘管及脓肿壁明显强化。
5、超声检查：复杂性肛瘘有一个内口，多条瘘管以及多个外溃口组成。若要达到手术根治的目的，必须将所有的瘘管全部切除。这时候术前需要依靠彩超的辅助检查，将皮下的瘘管找出，并做好标记，以便手术时全部切除。
6、肛镜检查：可在镜下直视齿线全部，内口常在红肿发炎的肛瘘，有分泌物，对可疑的肛隐窝可用银质园头探针探入。