军团菌引起的肺炎一般不是很严重，但如果患者的年龄较大，而且有多发的慢性疾病，例如高血压、糖尿病、心脏病等等，此时病情也有可能非常严重，甚至可诱发并发症而危及生命。所以当患者确诊为军团菌肺炎时，要给予积极的治疗。
目前对军团菌有效的抗生素，包括大环内酯类的阿奇霉素、红霉素、罗红霉素，或者是喹诺酮类的左氧氟沙星、莫西沙星等等。