慢性肾炎的主要病变部位是肾小球，在肾小球的血管，即有入球动脉和出球小动脉。
慢性肾炎是由于免疫介导的炎症反应，导致了肾小球发生一系列的病变，进而会影响肾小管，而肾小球的病变可以是肾小球的局灶硬化、节段硬化，以及全球硬化等。肾小球的固有细胞、上皮细胞、内皮细胞、系膜细胞等会发生病变，包括系膜细胞的增多、系膜的增生，同时在基底膜的病变的发生也比较多，可以造成膜性肾病，最终的发展结果会逐渐侵犯肾小管，出现肾小管的萎缩和间质的纤维化。结果就导致了肾脏的萎缩、皮质变薄，以及肾功能衰竭的发生。