由于新生儿腹泻的病因不同，故治疗时需明确病因，针对病因进行有效治疗，如感染性时，细菌或真菌感染需抗感染治疗，病毒性肠炎有自限性，无需抗感染治疗，仅需对症治疗。而非感染性腹泻中，过敏性肠炎需寻找过敏原，乳糖不耐受需补充乳糖酶等。治疗过程中轻症患儿仅需对症，无需静脉补液等，而重症患儿需静脉补液、维持电解质及酸解平衡。
一、病因治疗
如乳糖酶不耐受时可口服补充乳糖酶或免乳糖配方喂养，牛奶蛋白过敏时可给予深度水解蛋白奶粉或氨基酸配方乳等替代普通奶粉喂养。
二、药物治疗
1、微生态调节剂：常见有双歧杆菌、乳酸杆菌、粪链球菌等，目的在于补充肠道正常菌群，恢复肠道微生态平衡，重建肠道天然生物屏障保护作用。
2、肠黏膜保护剂：常用药物为蒙脱石散，作用是吸附病原体和毒素，维持肠细胞的吸收和分泌功能。
3、控制感染：目前需要抗菌药物治疗的腹泻包括细菌性痢疾、沙门菌肠炎，其他侵袭性细菌所致腹泻、非侵袭性细菌所致重症腹泻，尽量完成粪便细菌培养及药敏试验，针对药敏选择抗生素。若为真菌感染时，给予制霉菌素，若疑全身感染时，需选用酮康唑口服或氟康唑静脉给药。
三、其他治疗
补液及维持电解质及酸碱平衡：若中重度脱水时，或轻度脱水但呕吐严重时，可给予静脉补液。若出现低钾、低镁、低钙时，可酌情口服或静脉补充；若出现酸中毒时，可给予碳酸氢钠纠正酸中毒。