直肠内套叠应先行保守治疗，如多吃富含纤维素的蔬菜等食物，多饮水、多锻炼身体，必要时应用开塞露塞肛等，部分患者可以治愈。如经长期保守治疗无效者，才考虑行手术治疗。
一、药物治疗
1、乙醇、明矾、苯酚等硬化剂：将药物(消痔灵、乙醇、芍倍、明矾注射液或苯酚等)注入直肠黏膜下或直肠周围，引起脱垂直肠黏膜下或直肠与周围组织发生粘连、瘢痕、硬化，可起到固定作用。
2、抗生素：由于直肠是人体储存粪便的场所，含有大量的细菌，在手术治疗之后应使用抗生素杀灭细菌，预防感染的发生。
二、手术治疗
手术治疗是目前治愈成人直肠内套叠的唯一方法，手术治疗的基本原理是将脱垂的直肠黏膜切除或固定在直肠周围的组织上。手术方式多种多样，常用的手术方法如下：
1、经肛门行直肠远端黏膜缝合加硬化剂注射术：适用于距肛门8cm以内的远端直肠黏膜内套叠，同时将药物(消痔灵、乙醇、芍倍、明矾注射液或苯酚等)注入直肠黏膜下或直肠周围，引起脱垂直肠黏膜下或直肠，与周围组织发生粘连、瘢痕、硬化，起到固定作用。
2、直肠胶圈套扎术：目的在于去除部分松弛的黏膜，必要时在套扎黏膜下层加注适量硬化剂。
3、经腹直肠固定术：适用于严重的中低位直肠内套叠，或高位直肠内套叠及直肠全层套叠者，尤其适用于有骶直分离者。
4、Delorme手术：该手术能完全切除内脱垂的黏膜4~10cm，并可同时修补直肠前突，该手术治疗直肠内套叠有较好疗效。但手术前应排除结肠慢传输，盆底疝及耻骨直肠肌综合征等。
5、吻合器直肠黏膜环切钉合术：适用于直肠远端内套叠，即直肠黏膜内脱垂。这种方法治疗效果比较理想，适用于低位脱垂的重症患者，但手术技术要求和治疗费用都较高。
6、乙状结肠切除术：适用于乙状结肠较肠管迂回曲折的患者。
7、结肠次全或全切术：本病患者常规进行分段结肠通过时间检查，帮助确定有无结肠通过性便秘，确定手术范围。
三、中医治疗
针灸治疗联合中药治疗可对轻症患者起到治疗作用，但缺乏严谨的前瞻性对照研究。
四、其他治疗
生物反馈治疗及提肛肌训练：可起到缓解部分症状的作用。