阴茎癌绝大多数为鳞状细胞癌(SCC)，占95%，基底细胞癌和腺癌罕见。
从肿瘤形态上还可分为原位癌、乳头状癌及浸润癌三种。
1、原位癌：常位于阴茎头和冠状沟，呈边界清楚的红色斑块状突起，有脱屑糜烂，生长缓慢或数年不变。显微镜下可见癌细胞限于上皮，基底膜完整与正常组织分界清楚，其表皮增厚。
2、乳头状癌：好发于包皮内板、冠状沟及阴茎头部，呈乳头状或菜花样突出，伴有脓性分泌物和恶臭，质脆易出血。主要是外生性生长，一般较局限，淋巴结转移较少。
3、浸润癌：以冠状沟部多见，呈湿疹样，有硬块状基底，中央有溃疡，且有脓性或血性渗出液，也有人将此种称之为溃疡型癌。若肿瘤浸润较深，可破坏阴茎筋膜达海绵体。