特殊脑电图主要用于检查癫痫，脑电图上的痫性放电是癫痫的特征，也是诊断癫痫的主要佐证。在临床上常规的头皮脑电图，仅能记录到大约50%患者的痫性放电。
临床可使用特殊脑电图的方法来提高阳性率，如采用过度换气、闪光刺激等诱导方法，可提高脑电图的阳性率。仍然有部分患者多次进行脑电检查，却始终正常，因此可以使用24小时动态脑电图、视频脑电图等特殊手段来检查癫痫的发作。脑电图如果出现癫痫的异常放电，如棘波、尖波、棘慢波、尖慢复合波，为癫痫的诊断可以提供重要的佐证。