单纯的咽肌痉挛大多数原因不明，慢性咽炎、烟酒过度、鼻分泌物长期刺激咽部以及理化因素刺激等，均可能导致咽肌痉挛的发生，可引起咽肌瘫痪的病因也可能导致咽肌痉挛，如癔病、狂犬病、破伤风等，此类患者也可发生咽肌痉挛。
一、主要病因
1、中枢脑干病变：中枢脑干病变是常见的致病因，多种疾病都可能造成此病，脑干血管栓塞、脑动脉硬化、脑部肿瘤、延髓空洞症等，下橄榄区域尤为多见，脑干下部的网状结构对肌肉的阵挛也有一定作用。
2、慢性咽炎：长期的慢性咽炎可能导致此病的发生，但是其中的机制尚不明确。
二、诱发因素
1、烟酒：长期烟、酒的刺激对咽部伤害较大。
2、鼻分泌物和理化因素：原因同上基本类似，对咽部的长期刺激会诱发此病。