淋巴细胞减少症的治疗以及时去除和控制病因为主，同时应做好感染的防治工作，避免继发感染。
一、病因治疗
1、停用致病药物，与相关科室沟通，改变用药方案。
2、治疗诱发淋巴细胞减少的原发病：HIV及慢性病毒感染者应尽快开展抗病毒治疗，自身免疫疾病应尽早进行免疫抑制治疗，营养不良和胃肠道吸收障碍患者应及时补充营养物质。
3、注射免疫球蛋白：病情严重的患者，可以注射免疫球蛋白，激活免疫系统，以对抗感染。
二、手术治疗
若淋巴细胞减少是由于合并的血液系统疾病所引发，应尽早接受干细胞移植，以降低再次发病的风险。