益生菌是消化科临床常用的一种药物，益生菌的作用机制，主要是通过直接补充或者是促进形成肠道内利于原有肠道细菌生长的微环境，从而达到调整肠道菌群的目的。正常的肠道菌群具有重要的生物屏障作用，此外肠道菌群对于人体的免疫功能、生长发育和营养具有非常重要的作用。
常用的益生菌包括双歧杆菌、乳杆菌、链球菌、地衣芽孢杆菌以及枯草芽孢杆菌等。临床益生菌制剂常用于治疗抗生素相关性腹泻，以及与肠道菌群失调相关的腹泻、便秘、消化不良等疾病。益生菌服用的时间没有特殊的要求，在饭前、饭后均可服用，部分患者由于对胶囊类的药物，在空腹服用时可出现上腹部不适，因此对于胶囊剂型的益生菌制剂，这类患者尽量于饭后服用。