原发性儿童肾小管酸中毒病因尚不明确，考虑与胚胎发育期基因突变有关。继发性儿童肾小管酸中毒，临床上可见于某些疾病导致。
1、远端肾小管酸中毒：原发性为远端肾小管先天性功能缺陷，常与遗传缺陷有关，包括常染色体显性遗传和常染色体隐性遗传。继发性可见于自身免疫性疾病如干燥综合征、系统性红斑狼疮、类风湿关节炎、高丙种球蛋白血症、镰刀形细胞病、肾移植、药物和毒物导致的肾小管间质损害等。
2、近端肾小管酸中毒：原发性为遗传性近端肾小管功能障碍，多为常染色体隐性遗传与基底侧的Na+-HCO3-协同转运蛋白的突变相关，常染色体显性遗传与编码Na+-H+交换体NHE3的基因SLC9A3的突变有关。继发性多继发于重金属盐中毒、甲状旁腺功能亢进、高球蛋白血症、胱氨酸病、Fanconi综合征。
3、混合型肾小管性酸中毒：混合型肾小管性酸中毒是由于编码碳酸苷酶Ⅱ的基因CA2突变有关，为常染色体隐性遗传。
4、高血钾型肾小管酸中毒：高血钾型肾小管酸中毒是由于醛固酮分泌绝对不足，或肾小管对醛固酮反应减弱，导致集合管排出H+及K+同时减少。醛固酮分泌减少可以是由于原发的肾上腺功能异常导致，也可以继发于各种轻、中度肾功能不全导致的低肾素血症，还可以是由于移植肾排异、药物损害引起的慢性间质性肾病和梗阻性肾病导致。远端肾小管对醛固酮反应减弱主要与肾脏先天缺陷有关，常见于儿童。