整肠生对于结肠炎是有一定治疗作用的，因为其内含有地衣芽孢杆菌，对于胃肠功能失调，包括结肠炎导致，还有胃肠炎都有较好的效果，但是在使用该药物期间，不能同时服用抗生素，否则会导致药物效果变差甚至无用，所以该药物一般是在服用抗生素后，隔一段时间再使用。结肠炎的治疗尤其是细菌性结肠炎，主要是通过抗生素进行治疗，整肠生主要是提供辅助作用的药物。
在使用该药物期间，饮食上也需要注意，例如不能饮用含有酒精的饮料，不能吃过于辛辣的食物，尽量不要食用血液制品的食品，例如血豆腐、血肠等，使用该药后患者可能会出现便秘，一般不用过于担心，随着药物的停止使用症状可逐渐缓解。如果使用药物期间出现明显的身体不适，需要及时去医院复诊，以查看是否有药物过敏的情况。