胃轻瘫综合征的病因有很多，如糖尿病、甲状腺功能低下、神经系统疾病、自身免疫性疾病等，病毒感染、幽门螺旋杆菌感染、药物损伤容易诱发胃轻瘫综合征。
一、主要病因
1、疾病因素：胃轻瘫综合征患者可能与患有糖尿病、甲状腺功能低下、神经系统疾病、自身免疫性疾病，或者是否曾接受胃部手术、减重手术等因素有关，因此这类患者均要接受血糖和甲状腺功能的生化检测，然后再根据临床表现有针对性地选择其他检查。
2、病毒感染：一部分胃轻瘫患者在出现相关症状前曾有过病毒感染，因此应考虑病毒感染为其病因，而拟诊为“病毒感染后胃轻瘫”。  
3、医源性胃轻瘫：手术如治疗胃食管反流病的胃底折叠术，导致迷走神经损伤所致胃轻瘫。药物引起的胃轻瘫往往易被忽视，涉及的药物包括阿片类镇痛药、抗胆碱药和某些治疗糖尿病药物。
4、其他：胃轻瘫与胃食管反流病相关，并可加重胃食管反流病症状，因此应评估某些难治性胃食管反流病患者是否合并胃轻瘫。
二、诱发因素
病毒感染、幽门螺旋杆菌感染、药物损伤等，容易诱发胃轻瘫综合征。