葡萄球菌肺炎一般为金黄色葡萄球菌感染，而肺脓肿的患者有厌氧菌感染。从临床表现来鉴别，感染金黄色葡萄球菌肺炎的患者，主要临床表现为寒战、高热、咳脓血痰；而肺脓肿的患者临床表现为高热、咳嗽、咳大量脓臭痰。其次，根据患者胸部x线征象不同来鉴别。金黄色葡萄球菌肺炎的患者有易变性；而肺脓肿的患者有一个或多个含气液平的空洞。另外，致病菌也不同。葡萄球菌肺炎一般为金黄色葡萄球菌感染，而肺脓肿的患者有厌氧菌感染。