急性间质性肾炎的病因很多，最常见的病因有药物、感染、疾病等，个别类型原因不明。既往认为感染是导致急性间质性肾炎的主要原因，而近年的研究发现，药物已成为导致急性间质性肾炎的首位病因。另外，β-内酰胺类抗生素是导致急性间质性肾炎报告最多的药物。
1、药物：
（1）抗生素：青霉素类及头孢菌素类，大环内酯类如阿奇霉素、红霉素，抗结核药物如利福平、乙胺丁醇、异烟肼，其他种类抗生素如林可霉素、氯霉素、多黏菌素B、四环素、万古霉素和磺胺类等。
（2）非甾体抗炎药及解热镇痛药：如阿司匹林、布洛芬、萘普生、柳氮磺胺吡啶、吲哚美辛、双氯芬酸、美洛昔康等，其他解热镇痛药如氨基比林、安乃近、安曲非宁等。
（3）治疗消化性溃疡药：H2受体阻断剂如西咪替丁、法莫替丁、雷尼替丁，质子泵抑制剂如奥美拉唑、兰索拉唑、泮托拉唑以及铋剂等。
（4）利尿剂：如呋塞米、氢氯噻嗪、吲达帕胺、氨苯蝶啶。
（5）其他药物：如别嘌醇、硫唑嘌呤、青霉胺、丙硫氧嘧啶、环孢素、卡托普利、甲基多巴、去甲基麻黄素、丙磺舒、磺吡酮、华法林等。
2、感染：
（1）全身性感染：包括布鲁氏菌病、白喉、军团菌感染、链球菌感染、支原体肺炎、传染性单核细胞增多症、巨细胞病毒病、钩端螺旋体病、梅毒和弓形体虫病等。
（2）原发肾脏感染：急性肾盂肾炎、肾结核和肾真菌感染等。
3、免疫性疾病：结缔组织病，如系统性红斑狼疮、原发性干燥综合征、坏死性血管炎和 IgG 相关疾病和移植肾急性排异病等。