蛲虫病可以选择苯唑类的抗菌药物，包括阿苯达唑、甲苯达唑，主要是通过抑制虫体对葡萄糖的摄取，导致虫体的糖原耗竭，最终导致虫体死亡，该类药物即可以杀灭虫体，也可以杀灭虫卵，所以效果比较好。
杀灭虫卵可以防止复发，副作用也少，疗程短、见效快，有效率可以达到95%以上，其中阿苯达唑优于甲苯达唑，是最理想的药物。蛲虫病也可以应用中药，例如百部、槟榔等多味中药制成的驱虫汤，有效率也可以达到95%以上。蛲虫病感染主要会引起肛门瘙痒以及腹泻、腹痛等症状，对于肛门瘙痒可以应用蛲虫膏，涂抹于肛门周围，具有杀虫和止痒的双重效果。