1、实验室检查：
（1）墨汁染色检查，脑脊液或其他病灶分泌物的涂片，可见圆形或椭圆形带荚膜的厚壁酵母细胞。
（2）乳胶凝集试验或ELISA法检测脑脊液中隐球菌抗原。
（3）真菌培养，涂片检查取脑脊液、痰、血、尿、胸水或皮损处分泌物，隐球菌培养将标本接种在沙氏培养基内培养，2~4天有隐球菌生长可明确诊断。
（4）脑脊液检查，压力增高，外观可混浊。白细胞数增多，糖及氯化物在病程中后期明显下降，蛋白增高。
（5）活组织检查取局灶病变组织作PAS染色，发现隐球菌可确诊。
（6）抗原抗体检查用胶乳凝集试验或酶标法测定脑脊液等标本中隐球菌荚膜多糖抗原，阳性结果有辅助诊断意义。
2、影像学检查：如疑为肺隐球菌病应做X线检查，肺新型隐球菌病患者的X线检查表现为多样性，轻者仅表现为双肺下部纹理增加或孤立的结节状阴影，偶有空洞形成。急性间质性炎症表现为弥漫性浸润或粟粒样病灶，一般不出现纤维性变和钙化，肺门淋巴结肿大和肺萎陷少见。在同时有HIV感染的患者中，更常见的表现酷似卡氏肺囊虫感染的间质浸润。由于肺部隐球菌感染可以与肺部其他疾病过程重复出现，所以X线无典型特征。
3、血清学检查：由于患者血清中可测到的抗体不多，因此检测抗体阳性率不高，特异性不强，仅作辅助诊断。通常检测新型隐球菌荚膜多糖体抗原，以乳胶凝集试验灵感而特异，且有估计预后和疗效的作用。