跟骨骨刺综合征需要与以下疾病进行鉴别：
1、类风湿性关节炎：本病症状为晨僵、多关节受累、关节畸形等，还可出现发热、类风湿结节、类风湿血管炎及淋巴结肿大。与跟骨骨刺综合征主要通过类风湿因子的检测鉴别。
2、痛风：患者表现为深夜因关节痛而惊醒，疼痛进行性加剧，呈撕裂样、刀割样或咬噬样，受累关节及周围组织红、肿、热、痛和功能受限等。血尿酸是诊断痛风的最重要的检查项目，可通过尿酸检查与跟骨骨刺综合征鉴别。
3、扁平足：一种以足内侧纵弓塌陷为主要表现的足部畸形，大部分扁平足患者无明显症状，少部分有足踝部及小腿下部疼痛症状，常常伴有站立姿态和行走步态的改变。