结直肠损伤患者绝大多数需要进行手术治疗，具体手术方法和时间则根据患者的生命体征、全身状况等进行选择。
一、药物治疗
术前即开始预防性使用抗生素，感染率可降低至11%，手术之前即选择覆盖厌氧菌在内的广谱抗生素静脉运用很重要，常用的药物有头孢他啶、头孢哌酮等。
二、手术治疗
对于简单轻症、生命体征平稳、全身状况良好的病人，积极进行早期彻底手术，而对于复杂重症病人，可以遵循损伤控制外科的理念，选择损伤控制性的分次手术。根据医院条件和病人情况，可以选择腹部正中切口的剖腹手术或腹腔镜下实施手术。复杂的创伤需要开腹，而简单的刀刺伤或医源性的结肠损伤，腹腔镜下施行手术基本都能完成。