血栓发生的部位不同，治疗方法也不同。动脉血栓最常见的是冠状动脉内的血栓，是急性心梗及脑血管形成血栓，就是脑栓塞。这两个部位发生的急性血栓栓塞，治疗原则是急诊行介入治疗，抽吸血栓之后支架植入，如果没有介入治疗条件，应该行急性的溶栓治疗。
另外，心房内的血栓或房颤预防血栓治疗，一般都采用抗凝治疗。还有静脉系统的血栓，比如下肢静脉的血栓也采用抗凝治疗，应用的药物有华法林、低分子肝素或者新型的口服抗凝药，常用的比如阿哌沙班、达比加群酯等。肺栓塞实际上也属于静脉系统栓塞，如果急性大面积肺栓塞也要考虑急诊溶栓治疗。绝大部分的肺栓塞采用了药物治疗，主要是刚才所提到的口服抗凝药。