肺癌分子诊断的检查禁忌主要有以下几方面：
1.心肺功能不佳，不可耐受肿瘤穿刺的患者。
2.有顽固性咳嗽的患者。
3.血小板功能障碍、出血不止的患者。
4.重度肺气肿、肺大疱，以及病灶靠近纵隔和大血管的患者，不适宜通过活组织穿刺获取肿瘤细胞，可以通过血液中的肿瘤细胞进行检测。
如果有上述任何一种情况，则不适合做肺癌分子诊断，需要及时告知医生。