1、51Cr-氯化琥珀胆碱：通过此项检查可以明确患者血管内注射的放射性大分子的粪便是否丢失，以此诊断蛋白丢失性胃肠病的。但由于检查过程中有放射性活性的暴露并且价格昂贵，因此不适用于儿童的常规临床检查。
2、α1-抗胰蛋白酶清除率：α1-抗胰蛋白酶是肝脏合成的一种糖蛋白，其相对分子质量与白蛋白相似，具有抗蛋白水解酶的活性，很少被肠道激酶消化，主要以原形从粪便中排出，可用于间接测定白蛋白从胃肠道丢失的情况，被视为蛋白丢失性胃肠病的特异性诊断方法之一。
3、X线检查：常规胃肠道 X 线检查是必要的，可以发现胃肠黏膜的各种异常表现，为间接推断原发疾病的存在提供依据，如克罗恩病、肠淋巴管扩张症、淋巴瘤等疾病。若高度怀疑以上疾病，可进一步行小肠活检来明确诊断。
4、淋巴管造影：经足淋巴管造影可用于鉴别先天性或继发性淋巴管扩张所致的蛋白丢失性胃肠病。前者可见周围淋巴管发育不良和胸导管病变，造影剂滞留于腹膜后淋巴结，但肠系膜淋巴系统不充盈；后者造影剂可反流至扩张的肠系膜淋巴管，并溢出至肠腔或腹膜腔。
5、腹腔穿刺：有腹水者可进行诊断性穿刺，检查腹水细胞、蛋白质、乳糜微粒、酶、恶性细胞等情况，有助于明确诊断后对症治疗。
6、常规生化检查：通过血常规检查可以明确患者是否存在贫血、白细胞减少，粪便中若出现过多的脂肪颗粒，则表明患者存在肠道吸收不良的情况。
7、空肠黏膜活检：空肠黏膜活检对于相关肠道疾病，如淋巴瘤、乳糜泻、嗜酸性胃肠炎、胶原性胃肠炎、肠淋巴管扩张症等具有诊断意义，有助于明确蛋白丢失性胃肠病的病因。