1、血液苯丙氨酸测定检查：主要是用于测定体内的苯丙氨酸的浓度，四氢生物蝶呤缺乏症的患者体内苯丙氨酸的浓度轻度或重度升高。
2、尿液蝶呤测定检查：主要用于测定尿液蝶呤的含量，四氢生物蝶呤缺乏症的患者尿液蝶呤浓度升高。
3、基因测定：主要是用于检测患者有无基因突变，四氢生物蝶呤缺乏症的患者基因检测可发现基因突变。
4、酶学检测：主要用于诊断体内是否有6-丙酮酰四氢蝶呤合成酶的缺乏，主要是用皮肤成纤维细胞测定6-丙酮酰四氢生物蝶呤合成酶的活性。