骨囊肿以手术治疗为主，术中需彻底刮除纤维包膜，以防复发，少数骨囊肿患儿可以选择药物治疗。该病情患者需要进行长期持续性治疗。
一、药物治疗
对于儿童患者，可使用甲泼尼龙、醋酸甲基强的松龙注入骨囊肿腔内进行治疗。需要注意激素类药物不能长期使用，以免诱发慢性心血管疾病、骨质疏松和癌症。患者最多可接受3次激素注射，且注射的时间间隔至少为3个月。
二、手术治疗
单纯性骨囊肿的标准治疗方法为病灶刮除，并且手术治疗是该病的首选手段，术中可用自体或异体移植骨填充缺损。但手术刮除不净，可能会引起病情复发。