病毒性脑炎的治疗主要包括抗病毒药物，主要药物有阿昔洛韦和更昔洛韦，免疫治疗主要包括干扰素、转移因子等，其他药物是肾上腺皮质激素，常用的是地塞米松或甲基强的松龙。其他治疗包括抗菌治疗，如有细菌或真菌感染，应根据药敏结果选用适当的抗生素、抗真菌药物。
对症支持治疗非常适合严重的昏迷患者，注意保证营养、水和电解质的平衡，保持呼吸道通畅。必要时可给予小剂量输血或静脉营养，高热者可给予物理降温，颅内压升高的患者可给予适当脱水、降低颅内压的治疗。患者出现褥疮或呼吸道感染时，有这些并发症，也要给予积极治疗。