骨结核临床大多有典型的结核中毒症状，约37%~80%有不同程度午后发热、盗汗和体重减轻等。少数患者无全身中毒症状，病变绝大多数限于单个关节，这是与类风湿关节炎等多关节病的重要区别。
1、全身症状：起病缓慢，患处疼痛，有低热、倦怠、乏力、盗汗、食欲减退和消瘦等。偶见少数病情恶化急性发作者体温可达39℃左右及毒血症症状，一般多见于儿童及免疫力差的患者。
2、局部症状：
（1）好发部位：脊柱结核好发于腰椎、胸腰段，胸椎次之，颈椎再次之，单纯累及骶尾椎者少见。关节结核病变部位大多为单发性，少数为多发性，但对称性十分罕见，青少年患者起病前往往有关节外伤病史。
（2）功能障碍：受累的关节功能障碍比局部疼痛出现更早，详细检查关节功能并与健侧比较能早期发现。
（3）局部肿胀或积液：脊柱结核流注脓肿可以直至皮下，出现在腰三角、胸壁、腹股沟、大腿根部等，部分患者以此就诊。表浅关节可以查出有肿胀与积液，并有压痛，关节常处于半屈状态以缓解疼痛，疾病后期，肌肉萎缩，关节呈梭形肿胀。
（4）脓肿积聚、破溃：病变部位蓄积大量脓液、死骨和坏死组织，由于无红、热等急性炎症反应表现，故结核性脓肿称为“冷脓肿”或“寒性脓肿”。脓液可能向体表破溃流出，也可与空腔内脏器官沟通形成内瘘，如食管、肺部、肠道。
（5）疼痛：病变部位有疼痛，初起局部疼痛多不明显，活动后疼痛加剧，儿童患者常有“夜啼”。单纯骨结核髓腔内压力高，脓液积聚过多，疼痛加重，往往这时才引起患者的注意。脊柱结核疼痛是最先出现的症状，一般为轻微痛感，劳累后加剧。腰椎结核患者在站立与行走时，往往用双手托住腰部，头及躯干向后倾，使重心后移，以减轻身体对病变椎体的压力。
（6）畸形：为减轻痛感，患者关节被迫处于特殊位置，如膝、肘关节呈半屈曲位，当病变时，活动进一步受限关节出现固定性畸形，脊柱结核多出现后凸畸形。