内分泌系统疾病可能会导致不孕症，比如女性的生殖轴，包括下丘脑、垂体、卵巢，三个部位中一个部位出现问题，可能会导致生殖轴的功能紊乱，导致内分泌失调，比如卵巢储备功能下降或者卵巢早衰，导致卵子的数量和质量下降，导致不孕症。
垂体腺瘤可能会导致高泌乳素血症，泌乳素升高、异常乳汁分泌、月经异常、排卵功能障碍和不孕症。甲状腺疾病可能会影响胚胎的发育，导致习惯性流产的发生，糖尿病会出现流产率的增加。