慢性反流性食管炎主要以反流症状为主，常见症状表现为反酸、烧心、胸骨后烧灼感，恶心、呕吐、呛咳、发热等。饱餐后症状更重，另外一些隐藏症状常被误诊为其他疾病，部分患者因食道反流导致夜间胃液逆流至会厌，可出现咽炎症状。临床上常误诊为慢性咽炎，还有部分患者胃液经气管进入肺部，表现为夜间呛咳和反复发热，临床上常被误诊为肺部感染。