十二指肠球部溃疡的患者，在临床上主要的治疗方法有两种：一、内科的药物治疗；二、外科的手术治疗。内科的药物治疗有三种药物可以应用：第一、抑酸类的药物，可以减少胃酸分泌和胃蛋白酶的刺激；第二、胃黏膜保护剂；第三、如果患者合并有幽门螺杆菌的感染，针对幽门螺杆菌的感染应用抗生素类药物。
如果在内科的药物治疗或者是胃镜的介入治疗之后，患者十二指肠溃疡球部的出血还是无法好转的时候，就要采取手术治疗的方式。另外，急性的十二指肠溃疡、穿孔的患者也需要进行手术治疗。