脂肪痢通常是病因治疗和支持治疗，病因治疗是关键。消除病因及原发疾病，对疾病的缓解意义重大。脂肪痢是一些疾病带来的症状，治疗脂肪痢，应根据患者原有的疾病进行对症检查和治疗，针对病症施以适合的治疗方法。
一、一般治疗
1、对于营养不良的患者首先应该静脉给予营养输注，之后逐渐调整饮食，补充患者营养供给，减轻消瘦和体重减轻症状。
2、对于乳糜泻的患者，停止摄取小麦和黑麦的蛋白质后便会恢复正常，要终身禁止食用含麦类食物。
二、药物治疗
1、胰酶功能不足的患者，应给予胰酶片，其内含有胰蛋白酶、胰脂肪酶、胰淀粉酶。
2、脂溶性维生素吸收障碍者，可肌内注射维生素A、维生素D及维生素K等脂溶性维生素，补充体内维生素含量。
3、舌炎、唇干裂者，补充铁、维生素B12、叶酸、维生素A等物质。
4、周围神经炎者，给予维生素B12、B1等治疗。
三、手术治疗
该病一般无需手术治疗。