肛周巨大尖锐湿疣在临床上主要根据患者的症状轻重选择治疗方式，主要以物理治疗为主，选择局部或全身应用药物，根据病人的疣体大小，决定疗程长短，且对症治疗也有一定的帮助。
一、药物治疗
1、咪喹莫特乳膏：咪喹莫特乳膏是一个外用的，主要由于治疗治疗外生殖器以及肛周的病毒导致的尖锐湿疣。是目前为数不多的能对尖锐湿疣起到治疗作用的药膏。多数患者在治疗过程中无任何不良反应，偶尔可见有的患者出现疣体部位灼烧、色素沉着、发炎、瘙痒、疼痛、皮疹等反应，一般停药后就会消失。
2、氟尿嘧啶乳膏：氟尿嘧啶乳膏用药后疗效是比较明显的，这种药物通常是用来治疗尖锐湿疣，皮肤癌，外阴白斑等皮肤疾病的，并且在用药过程中产生的副作用比较小。
二、手术治疗
患者在局麻或全麻的状态下，由医生将肛周巨大的疣体直接切除缝合的手术。
三、物理治疗
1、物理治疗：如激光、冷冻、电灼、微波等，可酌情选用，妊娠患者物理治疗时可发生流产。
2、光动力治疗：物理治疗及药物治疗后，可使用光动力治疗预防复发。
四、其他治疗
性伴侣患有尖锐湿疣的患者也需进行药物治疗或物理治疗，否则肛周巨大尖锐湿疣患者仍会复发。