异色性虹膜睫状体炎的病因尚未完全明确，可能与Fuchs学说、交感神经因素、遗传因素、免疫因素、感染因素有关。异色性虹膜睫状体炎的发生没有年龄界限，好发于发育机制异常、有家族史的人群。
1、发育机制异常：是由于某种因素作用于胎儿或生后早期，最初抑制葡萄膜的正常发育，而产生虹膜异色，以后对某种病理因素发生反应，产生低度炎症。虹膜睫状体炎缓慢进展，经过数年出现细小KP，虹膜逐渐萎缩，有时有房水闪光，玻璃体混浊，继而由于晶状体代谢障碍而引起白内障，又由于房水排出障碍而引起继发性青光眼。
2、交感神经因素：由于到眼的交感神经路被阻断，引起营养性缺陷，使色素产生的正常过程被抑制。有患眼瞳孔比对侧小，进一步支持交感神经损伤学说。
3、遗传因素：极少数病例有家族史，但概率很低，不足以证明异色性虹膜睫状体炎有遗传性。我国研究表明，IL23Ｒ基因多态性与异色性虹膜睫状体炎相关，而miＲ-146a、Ets-1及重组人肿瘤坏死因子-α、诱导蛋白3基因多态性与异色性虹膜睫状体炎并无相关性。
4、免疫因素：近来发现在患者房水中存在IgG，还发现血中白细胞介素2受体及T细胞增生刺激因子水平增高，T淋巴细胞、B淋巴细胞活性增强。根据免疫和组织的研究，本病可能是免疫复合物引起。
5、感染因素：已有多种报道证明该病与弓形虫有关，表现为血清弓形体阳性、脉络膜视网膜瘢痕病变，确切的相关性受流行病学、检查方法及诊断标准等因素的影响。