精子凝集症的发生与抗精子抗体有关，可因生理屏障的破坏、交叉免疫反应、精浆免疫抑制因子的异常、生殖道局部免疫功能的异常引起，好发于有家族遗传病史的人群。
1、生理屏障的破坏：常见疾病有隐睾症及精索静脉曲张，可导致精子突破生理屏障接触血液，触发抗自身精子的免疫应答，从而产生抗精子抗体。
2、交叉免疫反应：某些病原体与精子有共同的抗原，生殖道内分泌发生精子抗原或与精子有交叉反应性抗原的免疫反应，导致抗精子抗体的产生。
3、精浆免疫抑制因子的异常：由于精浆免疫抑制因子的异常，可导致抑制精子抗原及生殖道局部免疫反应的作用减弱，免疫功能增强而诱发对精子的免疫。
4、生殖道局部免疫功能的异常：睾丸处于免疫豁免状态的机制遭到破坏，免疫功能病理性亢进，诱发对精子的自身应答，导致抗精子抗体的产生。女性抗精子抗体产生的主要原因是物理因素或局部炎症因素损伤阴道黏膜，精子或精浆免疫抑制因子可由黏膜破损处进入女性体内，易产生抗精子抗体。