肾盏憩室的主要病因尚不明确，可能与先天发育异常有关，好发于先天发育异常者，此外，感染是肾盏憩室的主要诱因。
一、主要病因
先天发育异常：肾盏憩室的发生多与发育异常有关，在胚胎早期输尿管各段形成，然后逐渐出现有序退化，若发育异常持续存在，可成为一个单独的分支形成肾盏憩室。
二、诱发因素
部分肾盏憩室在急性上尿路感染后出现，提示憩室的发生与局限性皮质脓肿进入肾脏系统有关，感染可诱发肾盏憩室。