临床上细菌性痢疾患者的诊断通常要根据发病季节、流行病学史、患者的症状和体征以及实验室检查结果进行综合判断，最终确诊依赖于病原学检查结果。菌痢的病原学检查主要就是粪便培养，如果有痢疾杆菌生长就可确定诊断。需要注意的是，尽量在抗菌药物使用前采集标本，尽量采集新鲜粪便的脓血部分，采集后及时送检，建议多次采集、多次送检可有助于提高培养阳性率。在诊断本病过程中要注意与其他多种腹泻性疾病鉴别，如急性阿米巴痢疾，其他细菌性肠道感染如大肠埃希菌、空肠弯曲菌以及产气单胞菌引起的肠道感染等。