真菌中毒症常因摄入真菌毒素而致病，故应注意饮食卫生，提高健康意识。合理应用抗真菌药物及激素，积极治疗免疫性疾病，是预防中毒的主要措施。
（1）对于真菌中毒症，最关键的是疾病预防工作，注意饮食卫生，不购买无照经营者的食品及不新鲜的食品，食物加工要清洁卫生，餐具要定期消毒，吃剩的食物最好不要存放太长时间。
（2）注意休息，保证充足的睡眠，提高机体的免疫力。吃东西之前要洗手，生吃瓜果、蔬菜要洗净。