第二代疫苗包括由微生物的天然成分及其产物制成的亚单位疫苗和将能激发免疫应答的成分基因重组而产生的重组蛋白疫苗，其中亚单位疫苗是去除病原体中与激发保护性免疫无关的成分，保留有效免疫原成分制作的疫苗。
有效免疫成分可以通过理化方法裂解病原体获得，也可以利用DNA重组技术制备。
通过DNA重组技术制备的亚单位疫苗又称为重组抗原疫苗。重组抗原疫苗不含活的病原体或病毒核酸，安全有效，成本低廉。