新生儿腹泻常分为感染性腹泻及非感染性腹泻，后者多见于碳水化合物不耐受或蛋白质吸收障碍或不耐受等。临床以感染性腹泻较多见，感染性腹泻按病原可分为以下四类：
1、细菌感染：以大肠埃希菌最多见，该菌可分为五个类型，其中新生儿以致病性大肠埃希杆菌最常见。空肠弯曲菌也是引起新生儿感染性腹泻的主要病原之一，主要传播途径为母婴垂直传播。另外，耶尔森菌感染引起的肠炎也日渐增多，此外黄色葡萄球菌、铜绿假单胞、变形杆菌、产气单胞菌、志贺菌等均可使新生儿发生肠炎。
2、病毒感染：轮状病毒是新生儿病毒性肠炎最常见的病原，而且常继发乳糖酶缺发。柯萨奇病毒、埃可病毒等也可引起新生儿腹泻。
3、真菌感染：多于使用抗生素后继发，以白色念珠菌导致多见。
4、寄生虫感染：滴虫、梨形鞭毛虫均可引起新生儿腹泻。